313系1000・1100番代（神領区4連）

1000番代は、1999年に登場した中央線向け4連のグループ。基本的には東海道線に投入された0番代と共通であるが、車端部がロングシートである点が特徴である。その他はほぼ同一で、クハ312については車端部に便所を設置しているため0番代としている。3編成が製造された。
1100番代は2006年に登場した1000番代の改良型。クハ312のCP容量が2000l/minだった0番代に対して1000ml/minだった300番代と同等になった為、クハは400番代である。2006年に2編成が製造されたのち、2011年に大垣区J編成並みの仕様とした1編成が製造された。

現在6編成が在籍、中央線で使用されている。

※編成番号に下線があるものは1両ごとの写真を掲載しています